首先列舉《神農本草經》、《名醫别錄》、《雷公炮炙論》、《唐本草》等四十一種本草著作，并加簡要評介，基本反映出明代以前本草學發展概況；另又附列引用醫書二百七十七種，經史百家書籍四百四十種，共計七百十七種。通過引述前人專論如神農本經名例、陶隐居名醫别錄合藥方劑法則、采藥分六氣歲物、七方十劑、五味宜忌、五味偏勝、标本陰陽、升降浮沉、髒腑虛實标本用藥式、引經報使、相須相使相畏相惡諸藥、相反諸藥、服藥食忌、妊娠禁忌、飲食禁忌、李東垣随證用藥凡例、張子和汗吐下之法、陳藏器諸虛用藥凡例等，使中藥理論獲得系統整理。卷三卷四為百病主治，大緻沿襲宋以前本草“諸病通用藥”舊例，以諸風等一百十三種病證為綱，分列主治藥物，或于病證下再分若幹證，類列藥物用法，複設草部、菜部、果木等為小綱，并詳其主治，編次有序，便于臨證參考。

　　“釋名”下列舉别名，并釋命名意義；“集解”介紹産地、品種、形态、采收等；“辨疑正誤”對曆代本草有疑誤者予以辨正；“修治”闡述炮制方法；“氣味”闡述藥物性味及有毒無毒；“主治”包括功效；“發明”側重闡述藥性理論、用藥要點及李氏學術見解；“附方”廣錄以該藥為主的主治各科病證的有效方劑。本書在唐慎微《經史證類備急本草》基礎上，進行大量整理、補充，并載述李氏發明與學術見解。其主要成就包括:集我國16世紀前中藥學之大成，該書首先介紹曆代本草的中藥理論和所載藥物，又首次載入民間和外用藥三百七十四種，如三七、半邊蓮、醉魚草、大風子等，并附方一萬一千零九十六則。顯示當時最先進的藥物分類法，除列“一十六部為綱，六十類為目”外，還包括每藥之中“标名為綱，列事為目”，即每一藥物下列釋名、集解等項，如“标龍為綱，而齒、角、骨、腦、胎、涎皆列為目”；又有以一物為綱，而不同部位為目。特别是在分類方面，從無機到有機，從低等到高等，基本符合進化論觀點。全面闡述所載藥物知識，對各種藥物設立若幹專項，分别介紹藥物名稱、曆史、形态、鑒别、采集、加工，以及藥性、功效、主治、組方應用等；同時引述自《本經》迄元明時期各家學說，内容豐富而有系統。對中醫藥理論有所發明，書中強調對中藥應該辨證應用，其中亦有前人所未論及之名言和精辟理論，如辛夷條下有“腦為元神之府”。

　　書中對過去本草書籍中将兩藥誤為一物者，如葳蕤與女萎；一物而誤為兩藥者，如天南星與虎掌；品種混淆不清者，如百合與卷丹；藥用部位失真者，如五倍子誤認為果實；藥物歸類不當者，如将薯蓣列為草類等，均予以澄清更正。書中對妄圖長生不老，服食丹石成風現象進行了批判，對黃連、澤瀉服之可以成仙，草子可以變魚等說，亦作了駁斥。本書雖為中藥學專書，但涉及範圍廣泛，對植物學、動物學、礦物學、物理學、化學、農學等内容亦有很多記載。