想起當初蕭軒的一些告誡和叮囑，王遠最終還是最出了相對來說更保守一些的選擇和決定。見到進攻馬尼拉的一些作戰報告之後王遠确信登陸的兩千名官兵有能力暫時防守這裡，因此在向馬尼拉增援補充了一些火炮、彈藥、弓箭還有食水給養之後就率領船隊展開了返航，首先會到了泉州港并向南京報告了作戰情況，同時也在全州補充了不少用于近戰的臼炮和相關彈藥，乃至其他火炮。
菲律賓一帶的一連串交戰雖然沒有以最完美的方式取得勝利，但對蕭軒來說卻終究沒有帶來太大的壓力，而且王遠為了避免太大的風險并不太過估計自己面子的舉動也讓蕭軒為之認同。
很顯然：以不到四十艘标準主力艦，數千骨幹水上力量為核心的海上力量要想徹底解決掉南洋的海上之敵還是有些不夠。在陸上或海上的作戰行動中也暴露出了不少問題來，最為關鍵的問題是船上攜帶的給養對于南洋一帶的行動來說明顯顯得有些過多，而平均每艘船配備的人力偏少，根本不能發揮出縱向人力螺旋槳在機動力上的優勢來，不過在權衡再三的情況下蕭軒也不願意讓戰時拖延到秋季、冬天，甚至明年，因為等到那個時候，誰也不知道會不會出現什麼變故。在遠離東亞的南洋，南進的船隊最有可能遇到的對手還不僅僅是已知那些力量。
“現有的海上力量建設已經開始步入正軌，現在來看幾十艘主力艦或許是整個明朝官方水師不可缺少的一支力量，可是到了五年十年之後，就大有不同。即便我們這一次南下遇到了挫折，同樣有機會在數年之後翻盤。。。”最終蕭軒如此在新成立的海軍部門下令道。
在這樣的情況下，蕭軒毫不猶豫的下令可以動用的剛剛完成了訓練的二十艘主力挂甲船加入南洋遠征艦隊的序列，幾乎與此同時，增調了五千名志願部隊精銳中比較身強力壯并且在人力螺旋槳操作方面有更多訓練和經驗的陸戰隊員，并編組為兩個陸戰團，此外還征調了很多專門的火炮手，照明裝備，中央莊園學院剛剛試制出的不少火箭和照明裝備。讓核心建隊五十五艘挂甲船上的人員編制增加到了一萬兩千人的規模，除了輕型火炮之外，二三百門臼炮也武裝到了船上，讓這些船在近距離迫近對手的時候有更多殲敵殺傷手段，整個艦隊的實力不考慮航速可能的增加也增加為原來的幾倍之多。
吸取之前海戰中的經驗，為了更有效的在海戰中作戰指揮和有效的協同，這一次準備南下的艦隊中不再有鄭家集團的跟随。事實證明：西洋主力海船在火力和防護力乃至機動性上的優勢還是明顯的，如果讓明顯戰鬥力偏弱的一些船隻跟随，在很大程度上反而是艦隊的一種負擔
讓蕭軒有信心讓南洋艦隊繼續展開南下的當然還有巴達維亞在很大程度上位于熱帶無風帶，更為有利于發揮縱向螺旋槳的優勢。
就這樣，在王遠所率領的船隊進行了一個月左右的休整補充并進行了充分的武裝之後，再一次展開了下南洋的作戰行動。
當然，這一次出征也不是沒有風險的，随着夏季的臨近，雖然大多數時候海上并不算大的風浪更有利于發揮船隊的火力優勢，可是如果遇到台風，那這個時代所有經驗并不豐富的海員們都要面對巨大的考驗，整個船隊也并不是沒有遇到風險的可能性，隻是如果在初夏的時候開始行動并且行動盡可能的迅速的話還是有可能最大限度的回避這種風險的。
“這一次不同于前面的攻略，占領當地并不是首要的任務，首要的任務是徹底殲滅南洋一帶的殘敵，不過如果事已不可為，還是不要冒險進入陌生的海域。”在船隊臨行的時候蕭軒也不由的叮囑道。
就這樣，船隊在似乎并不适合南下的集結裡盡可能的逆風航行再一次踏上了遠征的征程，一些時候特别是風浪比較平靜有利于讓船上的人感覺到航速的時候，王遠就下令整個船隊以縱向人力螺旋槳協助高高升起的風帆展開前進，船隻在風向并不那麼有利的時候也似乎如同順風航行時一樣似乎在海面上飛馳。整個船隊在展開航行的時候幾乎所有船上的官兵們都感覺到了這點。
随後臨時的軍議上王遠也對各船臨時前來與會的人說道：“之前那一仗之所以似乎有些被動與艱難，一是因為我軍當時的機動能力有限，隻能讓對手集中兵力和船力攻我一部。二是雖然我軍擁有比較強的防護力和還算尚可的火力，可是對敵船的毀傷能力有所不足，如今的我軍則完全不同了。。。”聽到這些，不少在當初菲律賓群島一帶的海戰中心有餘悸的軍官們也感覺到了這一次出戰同以往的不同。
雖然風向并不是非常有利，不過在船隊出發大概一個月之後，還是駛入了南陽的深處，逼近了爪哇島西北部港口之外大概數十裡左右的位置上，期間雖然經曆過幾場風雨，不過船隊還算幸運的沒有與太大的風暴遭遇。
當天空中的瞭望手利用偵查熱氣球的優勢首先發現停播在港口上規模不小的船群的時候，不少船上的官兵也開始興奮起來，很顯然，這一次的交戰主動權要異手了。
“是夜晚的時候展開突擊，還是趁現在天色還沒有暗下來立即展開行動？”旗船的船長在這時候也興奮的詢問道
王遠毫不猶豫的下令道：“為了避免夜長夢多還是讓隊伍前進吧！前進的時候如果敵船沒有逃，我軍就暫不用太快的速度展開航行，還是按照我們以前的本事展開航行。這樣，即便見到我軍挂甲船隻比以前多了一些，估計港内規模的敵人還是不會望風而逃，應該有與我軍交鋒的決心的。。。”